Основное направление деятельности ЦКП «Протеомный анализ» — протеомные и геномные исследования биологических объектов в соответствии с приоритетным направлением развития науки, технологий и техники в Российской Федерации «Науки о жизни», критическими технологиями развития науки, технологий и техники Российской Федерации «Геномные, протеомные и постгеномные технологии», «Биомедицинские и ветеринарные технологии», «Технологии снижения потерь от социально значимых заболеваний» (утверждены Указом Президента РФ от 7 июля 2011 г. № 899).